Outils  pour la visualisation de molécules : logiciels et plugins

Freewares:

Logiciels:

• SwissPdbViewer: logiciel de construction, visualisation et minimisation d'énergie de molécules (développé à Glaxo), puissante fonction de superpositition de 2 molécules, nombreuses options et capacités, lit format PDB et mmCIF ainsi que le format MMOL. Une des caractéristique intéressante est la visualisation associée de la séquences et de la structure (repérage des éléments de l'une sur l'autre) (pour Macintosh/PC/Linux/SGI).
• Rasmol, Protein Explorer: programmes de visualisation de molécule en 3D (Windows/Macintosh/Unix): lisent format PDB.
• ISIS/Draw: dessins de molécules en 2D (Windows/Macintosh)
• WebLab viewer lite: visualisation de molécules (Windows/Macintosh)
• MacMolecule 2 and PCMolecule 2: visualisation de molécules (Macintosh/PC Windows)
• Cn3D ("See in 3D") : visualisation (National Center for Biotechnology Information) pour Windows/Macintosh/Unix. Comme SwissPDBViewer, ce programme permet de visualiser la séquence en même temps que la structure.
• MOLMOL: "MOLecule analysis and MOLecule display", visualisation et analyse de molécules (Windows/unix)
• MolView (1.5.0) and MolView Lite : visualisation, rendering 3D
• VMD: visual molecular dynamics, visualisation de molécules (Windows/Unix)
• MAGE: visualisation de molécules

Plugins:

• Plugins gratuits

• Chime: plugin pour navigateur (Windows/Macintosh)

• Demos gratuites de Plugins:

• CS Chem3D plug-in: plugin "free" pour navigateur. Il existe une version "pro" non gratuite

Bases de molécules

• Bases de petites molécules
  • CCDC: Cambridge Crystallographic Data Centre (petites molécules): contient les informations de structure cristallographique pour plus de 245.000 composés organiques et organométalliques. Molécules classées par information bibliographique, connectivité chimique, par structure moléculaire 3D et structures 3D cristallines (accès non gratuit sauf universitaires UK et Europe, inscription ici CD ROM). Plusieurs logiciels gratuits en utilisation non commerciale a télécharger Mercury pour la visualisation des structures cristallines (SGI, Sun, Linux, Windows). RPluto: visualisation de structures molé:culaires 3D (accepte formats CSD FDAT, SHELX and CIF)
  • Klotho: Biochemical Compounds Declarative Database
  • Molecular models from chemistry at Okanagan University College
  • 400 Chemicals of Pharmaceutical Activity
  • 3D Molecular Modeling Homepage of Tokyo University of Pharmacy and Life Science
  • MathMol: Library of molecular structure
  • ChemFinder: requête via le WEB de molécules, par nom, formule, masse ou CAS Number (Chemical Abstracts Service Registry), récupération au format CDX (lisible par le plugin CS Chem3D).
• Bases de macromolécules
  • PDB Brookhaven: coordonnées de macromolécules (ADN, ARN, Protéines,Complexes, Virus)
  • ABG: Directory of 3D structures of antibodies
  • BMCD: Biological Macromolecule Crystallization
  • BioImage: Multidimensional Biological Images (EM). Des assemblages macromoléculaires à basse résolution jusqu'à à des mitoses en MPEG
  • BMRB: BioMagResBank (NMR)
  • CAZy: Carbohydrate-Active enZYmes
  • ENZYME: Enzyme Nomenclature
  • Entrez: NCBI databases
  • ExPASy: Molecular Biology server
  • HIV Protease Database
  • LIPIDAT: Lipid mesophase and crystal polymorphic transitions
  • The World of Membrane Lipids: page "non officielle" des structures cristallines de lipides membranaires (nomenclature, cristallisation, coordonnées format PDB "like", etc..)
  • MacroMolecular Assemblies, EBI: Le serveur d'archivage de structures quaternaires (PQS) permet d'accéder aux structures quaternaires probables pour des macromolécules résolues par la cristallographie aux rayons X. (Note: dans la PDB, seules sont fournies les structures tertiaires en général)
  • MEROPS: Peptidase Database
  • Metalloprotein Database and Browser
  • ModBase: A database of comparative protein structure models
  • NDB: Nucleic Acid Database
  • PDB: Protein data Bank
  • PDBLite: Simple PDB search for students and educators
  • PDBOBS: Archive of obsolete PDB entries
  • PDB at a Glance: Classification of the structures in the PDB
  • Prolysis: Proteases and protease inhibitors
  • Promise: The Prosthetic groups and Metal Ions in Protein Active Sites Database
  • Protein Kinase Resource: comme son nom l'indique...
  • Protein Motions Database: Ce site décrit les mouvements qui se produisent dans les protéines et d'autres macromolécules (films, VRML). Fournit des logiciels libres et des adresses de serveurs pour l'analyse structurale et géométrique.
  • RELIBase: Structural data about receptor/ligand complexes (UK), mirrored in USA
  • RNABase.org : The RNA Structure Database
  • SWISS-MODEL Repository (3DCrunch) :A protein model database
  • Vitamin D Nuclear Receptor Site

Formats de fichiers 3D:

• Format PDB: format de fichiers PDB
• Format mmCIF: macromolecular Crystallographic Information File
  • mmCIF Home Page
  • mmCIF Dictionaries
  • mmCIF Software Tools
  • Coordinate File Description (mmCIF Format)
  • Structure Factor File Description (mmCIF Format)

Des cours en ligne de modélisation moléculaire :

• Molecular Modeling of Proteins and Nucleic Acids": enseigné dans le "Department of Biochemistry" à Virginia Tech par Dr. David R. Bevan
• "Principles of Protein Structure": Martin-Luther-University, Dept. of Biochemistry/Biotechnology, Halle, Birkbeck College, et surtout la partie "An overview of molecular forces in relation to protein structure" par Dr Oliver S. Smart.
• "Molecular Interactions Unit - Optimization lectures": par le même Dr Oliver Smart, Department of Crystallography, Birkbeck College.